在荷兰和西班牙，海关都是执行海关保护职能最重要的机构。其中，荷兰的海关警察是一类特殊的调查官员，有调查的责任，他们被赋予了针对特定犯罪事实的调查权力，也是专门针对侵犯植物品种专利、原产地标示、地理标志的犯罪事实的一种调查力量。英国的知识产权海关保护机构包括英国皇家税务与海关总署、英国边境署以及内部市场协调局。其中，英国海关是依国家海关政策对其管辖的英国外部边境的知识产权执法负责，并且，除法律规定的版权及相关权和不需要注册的设计权之外，海关只对由合法机构注册或认可的知识产权予以保护。
在荷兰需要注意的是，知识产权海关执法措施并非适用于所有种类知识产权的保护，对于侵犯地形图权利的商品、侵犯数据库权利的商品、侵犯他人商业秘密而制造的商品、高度模仿的商品边境措施都不适用，而且，海关执法措施也不适用于普通法商标，不管执法的性质如何，任何人均不能要求对没有注册的商标进行保护。英国是判例法国家，其针对知识产权海关执法制定的规范并不是特别的多。在具体的海关执法方面，英国海关执法的依据主要是一系列的欧盟海关知识产权保护条例。但其国内商标法及版权、外观设计及专利法规定了从欧盟领域之外进入英国侵犯知识产权的货物，或者虽来自该领域，但现处于非自由流通状态时，知识产权人有权向英国海关提交一份通知书，以将进口的侵权货物认定为违禁物。这是一项较为特殊的规定。西班牙在海关知识产权执法领域同样遵循欧盟的规章制度。具体到西班牙的国内法而言，海关知识产权保护的范围包括：商标权，著作权，与著作权有关的权利，外观设计权，保健品和药品的附加保护证书，原产地命名，地理标志，植物新品种权，为生产知识产权侵权产品设计或者改造的任何模具。
针对平行进口，欧盟理事会特别规定欧盟成员国海关授权不适用于平行进口的货物，边境措施不适用于平行进口商品，平行进口商品不包括经过权利持有人的同意而制造的商品。在英国，货物由欧盟境外平行进口，包括因此通过其他成员国领域，知识产权权利人事先在海关备有权利通告的情况下，海关当局可以扣押货物。但除此之外，英国海关无权管辖灰色市场的货物，即制造经过了权利人的许可，但是销售未经权利人许可的货物
